Ubicado en el histórico Cerro del Calvario, hoy Parque Matlazincas de la Ciudad de Toluca.
El acervo contenido en el museo cuenta con valiosas piezas que exponen la rica biodiversidad del Estado de México, tomando como ejemplo una importante colección de fósiles, artrópodos, lepidópteros, taxidermias zoológicas y una colección de más de tres mil mariposas. Es de destacar el árbol petrificado de más de 250 millones de años, que se encuentra en exhibición para el asombro de los visitantes.
Presenta a sus visitantes, a través de un recorrido pedagógico, la importancia de preservar los recursos naturales, ante el peligro de que estos se agoten y no haya posibilidad de renovarles.
El museo se encuentra en constante compromiso de difundir la importancia de preservar los recursos materiales, por lo que mantiene programas de difusión en favor del cuidado del medio ambiente y de promoción de prácticas para minimizar el impacto ambiental y el respeto y uso adecuado de los recursos naturales.