Creado con el propósito de mostrar las características del inmueble que ocupa, que data del siglo XVI, así como piezas arqueológicas provenientes del lugar. El recinto trata dos temas principales: el proceso de restauración del ex convento agustino y su investigación y una reseña histórica del lugar a través de fotografías.
Este recinto fue fundado en 1536 por fray Diego de Alvarado. El edificio es uno de los pocos ejemplos de arquitectura monástica de la orden de los agustinos del siglo XVI. Este Convento fue reconocido por la iglesia entre los años 1743 a 1791.
En 1711, un terremoto ocasionó el derrumbe de la cubierta de la iglesia, la bóveda deambulatoria del Claustro y el portal de los peregrinos, por lo que en 1725 se construyó otro templo en el lado norte del atrio de la iglesia destruida.
En 1994, se inauguró el museo, con el objetivo de mostrar no sólo el inmueble del siglo XVI, sino las piezas arqueológicas encontradas en este municipio.
Dividido en tres salas, exhibe de manera permanente una rica colección de objetos prehispánicos, entre los que podemos encontrar malacates, vasijas domésticas y ceremoniales, puntas de proyectil de obsidiana y otras piedras, parte de una columna y una amplia muestra fotográfica sobre el proceso de restauración del inmueble.